ニホンメダカが本来生息している田んぼの風景を再現し、そこに生活するメダカや、庄内川の上流から河口・干潟まで多様な環境の中で生活する身近な水生生物や希少淡水魚類などを展示しています。 また科学展示エリアでは、実体顕微鏡を常設し、メダカの卵・鱗・骨格をじっくり観察することができます。